“1918-ci ilin martında, Quba qırğınları zamanı Mircəfər Bağırov daşnaklara qarşı döyüşüb. Rudenkonun apardığı qurama məhkəmə prosesində də Mircəfər Bağırova verilən maddələrdən biri Qubada millətlərarası münaqişədə iştirakla bağlı olub. Daşnaklar Mircəfərin 15 əmisi uşağını öldürüblər. Mircəfər Bağırov da Qubada daşnaklara qarşı Zizikskinin yanında döyüşüb. Əli Zizikski Quba qəzasının valisi, İttahad Partiyasının üzvü, polkovnik olub”. “Xalq Cəbhəsi”nin məlumatına görə, bu fikirlər dosent Zaur Əliyevin araşdırmasında qeyd edilib. Z.Əliyev daha sonra qeyd edib ki, Bağırov Hamazapsın törətdiyi vəhşilikləri və müsəlman xalqına qarşı törədilən genosidi öz tərcümeyi-halının yuxarıda qeyd etdiyim səbəblərdən saxtalaşdırılmamış hissəsində geniş təsvirini verir: “Hətta bu vəhşiliklər zamanı o, əmisi Mir Talıb, əmisi oğlu Mir Haşım və yeznələri Hacı Heybətin daşnaklar tərəfindən qətlə yetirilməsini qələmə alır. Bu vəhşiliklərə dözə bilməyən Mir Cəfər erməni quldur dəstəsinin soyğunçuluğu və qatilliyi barədə Bakıya teleqram göndərir. Mir Cəfər Bağırov 1926-cı ilə qədər banditizmə və təxribatçılığa qarşı mübarizə üzrə Fövqaladə Komissiyanın (sonra onun əsasında təşkil olunmuş Dövlət Siyasi İdarəsinin, daha sonra isə Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsinin) sədri idi. 1927-ci ildə "yolverilməz hərəkətlərinə", yəni Qarabağda erməni banditlərini təqib edərək İranla dövlət sərhədini keçdiyinə və bu banditləri məhv edərkən sərhədyanı kəndlərdən birində bir neçə kəndli evini yandırdığına, beləliklə SSRİ və İran arasında konflikt predmeti yaratdığına görə Bağırovu vəzifədən azad edib təsərrüfat işinə göndərdilər.
Erməni qatili Amazasp Srvantsyan Ermənistan Respublikasının fəaliyyətində yaxından iştirak etmək istəyir, ancaq 1921-ci ildə bolşeviklər tərəfindən həbs edilir. Həsbxanadan qaçmaq barədə düşünən erməni terrorçunun etdiklərini unutmayan Mir Cəfər Bağırov İrəvana gəlir. Həsbxanada onunla görüşür və onun Qubada öldürdüyü qohumlarının qanının yerdə qalmayacağına dair ona Bakıda dediyi sözləri xatırladır. Onu türmədəcə öldürüb Mir Cəfər Bağırova barmaqları kəsilib hədiyyə edilir”.
Z.Əliyev əlavə edib ki, Mir Cəfər Bağırov Azərbaycan dövlətçiliyini saxlayan, onu Krım tatarlarının gününə salmağa qoymayanlardan biri olub: “Rus qoşunları Təbrizə keçənədək ermənilər belə bir məsələ qaldırır ki, guya Təbrizdə erməni çox yaşayır və Təbrizə göndərilən rus qoşununun içərisində ermənilərə üstünlük verilsin. Bağırov bunu eşidib təyyarə ilə Stalinin yanına gedir və ona bildirir ki, burada bir millət - azərbaycanlılar yaşayıb. Sonradan bunlar ikiyə bölünüb. Onun dedikləri Stalin tərəfindən qəbul olunur. Ermənilərin bu məkrli istəyi və planı pozulur. SSRİ-də olan “ gizli daşnaklar” bütün vətənpərvər kommunistlər kimi Bağırovu da sıradan cıxarmaq ücün sistemli surətdə iş aparırdılar və 1956-cı ildə onlar buna nail oldular.
1956-cı ildə Rudenkonun Mircəfər Bağırovun məhkəməsindən bir epizod:
Rudenko: -Müttəhim Bağırov, 1947-ci ildə Nizami təntənələrinə gələn Şaginyan Mariettanı siz qəbul etməyib, hələ üstəlik təhqir etmişdiniz, nə üçün?
Bağırov: -Əsərlərində Qarabağ və Naxçıvan torpaqlarına göz dikdiyi üçün. Mənimlə görüşmək istəyirdi, rədd etdim. Dedim ki, nə qədər istəyir verin, yeyib-içsin və çıxıb getsin.
Məhkəmənin əsas şahidlərinin tərkibinə diqqət yetirin: istintaq materiallarında şahid kimi adları çəkilən Manuçarov, Baqdasarov, Sevoyan, Saakyan, Qasparyan,Yegizarov, Lazarev, Dudiyev, Xaldibanov, Mılov, Ziyalov, Xentov, Aksyonov-Şerbitski və başqaları.
Mircəfər Bağırov 1955-ci ildə həbs edilib. 1956-cı ildə Bakıdakı “Şəhriyar” klubunda keçirilən məhkəmədə ən ağır cəzaya - ölüm cəzasına məhkum edilir. Lakin güllələnmir. Bağırov 17 may 1976-cı ildə Rusiyanın Primorsk diyarının Dalnoreçenski şəhərində ölümə məhkum edilənlərin düşərgəsində vəfat edib. Elə orada da dəfn olunan Bağırovun məzarının nömrəsi 1684-dür. Düşərgə rəisinin dediklərinə görə Bağırov sağlam olub və vəfatından 2 ay əvvələ kimi həbsxanada aşpaz işləyib. Sakit-səssiz qoca olub və eləcə də dünyadan köçüb.
Mir Cəfər Bağırov məhkum olunub güllələnmə cəzası alanda buna çox ermənilər sevinirdilər : “İndi biz rahat nəfəs ala bilərik… Bağırov erməniləri hər addımda təqib edirdi… yüksək vəzifələr tutan erməni kadrlarını işdən cıxarırdı. Bakıda o, erməni dram teatrını ləğv etdi”.