Ağdam şəhərindəki Cümə məscidi Kərbəlayi Səfixan Qarabağı adlı memar tərəfindən 1868-1870-ci illərdə inşa edilib.

Məscid binası daşdan, binanın fasad hissəsinin künclərindən qalxan minarələr isə kərpicdən hörülüb.

Trend-in məlumatına görə, mərkəz gümbəzə dayaq olan dörd sütun daxili məkanın həm tən ortasında kvadrat, həm də yan tərəflərdə iki mərtəbəli eyvanlar yaradır. İbadət zalına baxan və qadınlar üçün nəzərdə tutulan bu eyvanlar da öz növbəsində yuxarıdan gümbəzlərlə örtülür. Burada da hər detalda İslam incəsənəti üçün mühüm olan mürəbbe (dördbucaqlı) və dairə münasibətlərinə rast gəlmək olar. İbadət zalı mehrabın kənarlarından və eyvanlardan açılan pəncərələrlə işıqlandırılır. Mehrab tağçasının üzərində binanın dekor tərtibini verən ustad Məhəmməd Nəqqaş Təbrizinin adı və təmir olunduğu il, hicri təqvimlə 1331-cü il (miladi 1913) tarixi həkk olunub.

Mənbələrdə göstərilir ki, Ağdam Cümə məscidinin divarlarını ilkin variantda Kərbəlayi Səfixanın dostu nəqqaş Məhəmməd Şükuhi işləmişdir. Məscidin giriş qapısı Səfəvi memarlığı üçün xarakterik olan iri tağ portalın içindədir.
Abidə 1993-cü il iyul ayının 23-dən etibarən Ermənistan Silahlı Qüvvələrinin işğalı altında olub. Ermənistan tərəfindən 1992-1994-cü illərdə Azərbaycan ərazisinin 20%-i işğal etdildikdən sonra Ağdam Cümə məscidi də dağıdılıb.

Nəhayət 27 ildən sonra Ağdam rayonu Ermənistanın işğalından azad edildikdən sonra Cümə məscidi də Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin nəzarəti altına keçib.

Hazırda məscid ətrafında yüngülvari abadlıq işləri aparılıb, daxili təmizlənib, işıqlandırılıb.